Hon är sedan augusti 2018 generaldirektör på Vinnova – Sveriges innovationsmyndighet. Darja Isaksson har bland annat suttit i regeringens innovationsråd och regeringens digitaliseringsråd.
Hon har lång chefserfarenhet från den privata sektorn. På det statliga området sitter Darja Isaksson bland annat som ledamot för nationella innovationsrådet, nationella samverkansprogrammet Life Science och med engagemang i RISE.